Consiliul Director al Asociaţiei CCSISEO poate să înființează departamente în funcție de necesitățile şi oportunităţile asociaţiei. Departamentele sunt conduse de directori de departament, numiţi de preşedintele asociaţiei dintre membrii acesteia, cu consultarea membrilor Consiliului Director; directorii de departament au dreptul de a participa la ședintele Consiliului Director.
În cadrul departamentelor mai pot exista şi următoarele funcţii: responsabil, specialist, consilier, referent, etc; nu toate departamentele vor avea toate funcţiile, acestea se înfiinţează în funcţie de volumul de muncă şi obiectivele generale urmărite.
Iniţial, departamentele vor funcţiona cu un număr redus de persoane; pe măsura extinderii activităţii şi volumului de muncă, ele pot fi dezvoltate. Membrii Asociaţiei CCSISEO, dar şi persoane nemembre - în calitate de voluntari, pot adera la unul dintre departamente în funcţie de competenţe, după un proces de selecţie stabilit de directorii fiecărui departament cu consultarea Consiliului Director.
Asociaţia CCSISEO a decis înfiinţarea următoarelor departamente:
